Doktorski študij latinskega in grškega jezika, književnosti in kulture je vključen v skupni doktorski program Humanistika in družboslovje (smeri Jezikoslovje in Literarne vede). Manjši del programa je organiziran in povezuje vse študente vsake od smeri, večji pa temelji na samostojnem raziskovalnem delu in individualnih konzultacijah z mentorjem in drugimi sodelavci s slovenskih in tujih univerz.